尤达笔记整体界面为经典的桌面程序布局结构,整体上分为五个区域:
其中中间三栏均使用多标签页(Tab)形式,导航面板包括目录树与标签(Tag)列表,中间区域包括默认的笔记列表,还包括笔记编辑器、系统帮助等各种标签页,而右侧的扩展面板,用来放置各种插件面板。

当在中间区域的标签页上双击时,将自动切换浮动两侧面板,或者相应操作。同时这些操作也可以通过【视图】菜单操作。

除了这些主要界面元素,以及一些对话框等元素外,另外还有一个隐藏的面板,称为批量操作面板,当有笔记被选择后,该面板会自然显示在状态栏的上部,该面板一般在用户操作完毕后隐藏。